Spectronaut17定性深度再度突破，淘汰DDA指日可待？

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Biognosys官方的spectronaut17发布会介绍，带来了Spectronaut17/directDIA+的四大提升：

1）提升鉴定量：相对于SN16提升10~30（Thermo，Bruker，Sciex最新仪器）；

2）改善定量准确性；

3）使谱图库不再必须，相对于深度分级建库定量更准，鉴定深度差距为-10%~+5%；

4）适用于各类实验和分析手段，包括各类细胞组织体液，特异性、非特异性酶切体系。

本次Spectronaut17的升级带来的最大更新是directDIA+最新升级，direct DIA（direct Data-independent acquisition），即Library-free DIA，与传统DIA分析策略相比，无需进行DDA分级构建图谱库，直接利用机器深度学习解析DIA质谱原始谱图，在保留了DIA高通量、高重现、高准确的特点的同时提高了效率，缩短了实验周期，降低了成本。

在此版本中，direct DIA数据直接定性的能力（不依赖于谱图库，无论实验还是预测库）达到史无前例的巅峰，无论进行定性还是非标记定量分析时，采用DDA方法的必要性已经越来越低。

01 常规组织样本

数据来源：采用鹿明常规蛋白组学前处理方法制备多肽，250ng上样，timsTof Pro2 DIA-PASEF 60分钟采集，Spectronaut 16和Spectronaut 17 "directDIA+"分别分析。Protein Group及Precursor FDR均1%。

▲图1大鼠细胞不同版本Protein Groups鉴定对比

▲图2 大鼠细胞不同版本Precursors鉴定对比

可以看出directDIA+的Protein Group提升数量不大，但是在真正用于定量的Precursor数量实现了近35%的领先。那么有老师就会问了，去高丰度蛋白质组如何呢？

02 节约能源体液蛋白定量DeeP

在体液去高丰度蛋白质组上，directDIA+有何表现呢？我们做了个简单测试，采用血浆、血清样本测试分别对比。柱形图3为PG，柱形图4为Precursors。

▲图3 血浆、血清不同版本Protein Groups鉴定对比

▲图4 血浆、血清不同版本Precursors鉴定对比

可以看出directDIA+的Protein Group提升数量大约在20%-30%，并且在真正用于定量的Precursor数量实现了近50%的领先。

从以上测试中可以看到，即使不采用预测谱图库，directDIA+算法依然能够实现对简单样品的极深度覆盖。Spectronaut17的巨大优势，想必在未来的DIA定量大队列研究中也必将大展拳脚。

鹿明生物通过引进最新版的Spectronaut软件，配合鹿明丰富的样本处理经验、优化色谱质谱条件、多重严格质控，以及最高端的质谱仪器平台，使我们的蛋白质组学技术服务数据更高深、更准确、更稳定、更全面，期待助力各位科研工作者取得更加丰硕的研究成果。

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