开源之夏项目：Hiplot (ORG) 在线绘图网站 ChatGPT 辅助接口实现和统计工具开发

2023-04-05 23:41 作者:Openbiox 0人读过 | 我要投稿

Openbiox 开源之夏项目公布仓库：https://github.com/openbiox/summer-ospp

小编之前发起了一个跨学科的生物信息学协作社区，Openbiox 开源社区，并在这项工作中共同建立了一个新兴的易于使用和可扩展的在线网页分析工具，Hiplot（ORG）。

Hiplot (ORG) （特指 https://hiplot.org、https://hiplot.cn ）于 2022 年 7 月发表于生物信息学领域国际知名期刊《生物信息学简报》（Briefings in Bioinformatics），该网站由包括上海交通大学医学附属瑞金医院、上海交通大学生命科学技术学院、上海交通大学附属第一人民医院、上海科技大学、中山大学、广东海洋大学以及 Openbiox 开源社区在内的多家国内单位/机构/生物信息学社区共同贡献的一个免费的、综合性生物医学数据可视化分析网站 Hiplot（ORG）。自 2020 年上线以来，Hiplot (ORG) 可视化工具箱已提供超过 240 个一键式数据可视化分析插件，涉及基础统计图形、组学和其他常见的生物医学数据可视化分析任务。注册用户近 3 万 5 千人，累计访问超 500 万次。

本次由中科院软件所举办的开源之夏活动为 Openbiox 开源社区提供了两个潜在可以被活动组织方资助的项目名额。这里将向大家初步发布其中可能的一个项目的简短需求。因为内容还在更新中，大家以最后 summer-ospp 活动组织方发布为准。

Hiplot (ORG) 在线绘图网站 ChatGPT 辅助接口实现和统计工具开发

项目小背景/需求

Hiplot (ORG) 网站目前在生物/临床统计分析、一些前沿领域的绘图功能（单细胞、空间转录组等）方面功能仍相对欠缺，亟需在相关方向组织攻关和协作；
ChatGPT 提供了极佳的机会来让在线工具变得更加自动化和个性化：可以辅助我们完成数据的自动预处理和格式化、绘图样式的修改和调整等。因此我们希望可以打通自然语言处理的部分接口，允许用户输入自然语言或编程代码来自定义我们发布的数百个标准化绘图工具。

项目技术要求

项目申请人（学生）需要有较为扎实的数学/统计学背景知识，可以熟练使用 R 语言/统计/绘图工具包、熟悉 ChatGPT 接口和常用 Prompt，了解 Hiplot（ORG）绘图插件开发框架（见已发表论文），有单细胞数据分析、自然语言处理和 Web 工具开发经验优先。

项目产出仓库和知识产权归属

https://github.com/openbiox/hiplot-org-plugins ：新增绘图插件，将在Academic Free License version 3.0 协议基础上额外约束商业使用需获得工具开发人员授权；
https://github.com/hiplot/hiplotlib ：绘图插件本地执行框架，ChatGPT 接口实现仓库，遵循完全自由使用的 MIT 协议；
项目申请人与其他实际参与项目开发人员共同拥有相关知识产权。

Hiplot（ORG）网站的最新近况

1. Openbiox 社区 Hiplot (ORG) 项目最新访问网址：https://hiplot.cn 或 https://hiplot.org 。推荐大家使用 ORG 网站地址用于学术文章正式引用（还有很多同学只引用网站链接的情况；从学术规范性角度建议大家引用我们已发表的文献哈）；

2. Openbiox 开源社区主导开发/运维的网站【例如 Hiplot (ORG) 】一般都是永久免费、无广告、无推广和无会员的。当然，大家也可以适当支持一下，特别是帮我们多多安利下我们的社区项目；

3. 这几天，小编对 Hiplot (ORG) 网站的打包文件进行了一些瘦身，文件大小估计缩减为之前的 5-10%，同时也利用到了华为云 CDN 服务器进行了部分静态文件的全球加速。预估我们网站的首页打开速度（渲染出页面）可以从之前大约 5-10s 左右提高到 1s 以内。大家也可以帮忙在不同网络环境测试一下，反馈给我们哦。

4. 我们已开始筹备明年的网站 Update 文章。正如本篇推送发布的社区项目所介绍的，今年我们将为大家新开发至少 100 个开源绘图/统计插件（依然保持学术使用免费）。希望后续也可以多多和同行们一起推动相关领域的进展，非常欢迎大家部署我们的开源网站工具或者向我们的开源仓库贡献新工具。

其他已发表工具推荐

数据分析建议大家优先选择和使用已发表的工具，例如我的 BIB 文章对应着 Openbiox 社区 Hiplot (ORG) 网站。未发表的工具会导致很多不稳定性因素（深刻教训）。作为小小青年编委，这里也同步分享几个发表在国内 iMeta 生物信息学期刊图形化工具（很热门！），大家也可以同步多多引用！