尔云间生信代码|TCGA数据获取有困难，不会预处理，学起来

科研有捷径，输入代码，一键获取科研成果！就是这么省事，来具体看下有多方便！

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TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据。该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据，不仅可以对数据进行分析，而且还提供了对应文件的下载功能。

1.     网页打开界面如下，选择datasets，里面有很多数据集

2.      打开后，可以看到各种UCSC数据库提供的数据集，从中选择所需的肿瘤

3.      如本次选择使用的为STAD数据

4.   选择后即可看到相应的转录组和临床等信息，如红框标出的依次为FPKM转录组数据、样本临床信息、样本预后信息，依次打开即可下载

5.     接着我们选择HTSeq-FPKM，这里可以看到值log2（fpkm+1），为什么加一呢，因为很多基因的表达值是0，无法取log。

下载下来，解压后打开是这个样子

6.     可以看到，我们需要对ID进行转换，转换的方法也有很多，有R包，在线数据库。小工具等，这里我们使用数据库自带的注释文件来进行转换

下载下来，解压后打开是这个样子

现在我们就可以利用R语言读取数据，对ID进行转换，得到我们的分析数据了

下面是代码中数据处理的部分结果

免疫浸润也是近几年肿瘤研究的一个重要方向。现在有了TCGA肿瘤数据，如何进行免疫浸润分析？热门文献中免疫浸润分析是什么样的？我们自己能不能做得出来？免疫浸润分析的相关工具和数据库到底有哪些，又该如何使用？

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