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原创 小果 生信果 

在GEO数据库使用过程中，GPL文件是接触最多的数据之一，那么GPL文件是什么，它又是什么样的？带以上的问题去学习GPL文件。

GPL（GEO Platform）是GEO芯片或数据测序时使用芯片的平台，包含有注释信息，探针信息等。接下来我们以GPL17586 数据为例进行GPL文件学习。

登录到GEO数据库首页（Home - GEO - NCBI (nih.gov) ），然后再搜索框输入GPL17586 ，进行数据检索，检索到的GPL结果如下：

Platform GPL1786:意在说明GPL的ID是 GPL1786

Status：说明数据的状态是公开的，时间是2013年8月20日

Tilte：说明芯片的名字

Technology type：产生数据时用的技术类型

Distribution：说明数据用在哪里

Organism：数据来源于哪个组织

Manufacturer ：数据产生的单位是哪里

Manufacture protocol See manufacturers websit：说明数据的生产规程需要去生产商网页查看

Description ：就是描述芯片注释的过程，以及注释所使用的参考基因组版本，注释的日期等相关信息

Submission date ：数据提及的时间 

Last update date ：数据最后更新的时间

Organization ：说明组织机构的名称 

E-mail(s) ：机构邮箱

Phone：机构联系电话 

URL：机构官方网站

Street address ：机构地址 

City ：机构所在城市

State/province ：机构所在州或者省份 

ZIP/Postal code：机构邮编

country：机构所在国家 

Samples ：样本数目

Series ：使用该芯片平台的GEO数据系列

Relations：说明与该芯片平台相关的一些其它的芯片平台信息

Data table header descriptions：是芯片注释平台的表头描述

ID：是指探针的编号 

probeset_id：表达集的探针编号

seqname：染色体名称 

strand：是指正列还是负列

start：起始位置 

stop：终止位置

total_probes：总的探针数目 

gene_assignment：基因的描述

mrna_assignment：mrna的描述 

swissprot：蛋白数据库的描述

category：种类 

spot_ID:spot格式的ID

Data table：就是所有的详细数据

Total number of rows: 就是对文件列数的描述

至此，对GPL文件的学习就结束了。

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