宏基因组踩坑笔记（持续更新）

1. 当使用kraken2进行物种注释时，提示找不到classify脚本

   报错：

   Can't exec "$PATH(kraken2)/scripts/classify": No such file or directory at $PATH(kraken2)/scripts/kraken2 line 176.
   

   kraken2: exec error: No such file or directory

   原因：

   分析源代码$PATH(kraken2)/scripts/kraken2，这个可执行文件是perl脚本，报错出现在第176行，问题出现在常量$CLASSIFY，该常量最初在第28行定义：my $CLASSIFY = "$KRAKEN2_DIR/classify";根据报错信息，可以确定$KRAKEN2_DIR被记录为kraken2文件夹下的script目录下，而classify位于src目录下，故定位错误。

   解决方法：

   最简单的方法是把src目录下的所有脚本移动到script目录下（可能需要权限）

   >mv /biosoft/kraken2-2.1.2/src/* /biosoft/kraken2-2.1.2/scripts/

   当然也可以修改源代码中$KRAKEN2_DIR的定义。

   
   

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