真核生物转录组测序可以分为有参和无参的情况。其中,无参指在无参考基因组的情况下,对真核生物转录组进行测序。真核无参转录组测序在获得原始数据后,首先要进行质控拼接为unigene,再以unigene为参考序列进行后续分析,包括功能注释、SNP、SSR标记开发等。也可以对多个样本进行差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等,用于发现功能基因,为下一步研究提供方向。