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进化树美化——evolview基本命令速查与教程

2022-07-16 08:38 作者:科研那点事儿  | 我要投稿

Evolview是一款强大的进化树在线编辑软件,使用它可以制作出高颜值的进化树,网站地址为https://evolgenius.info//evolview-v2。来看几个例子吧:

操作界面:功能菜单主要分为BasicAdvancedAnnotation uploadExport四块。

操作流程及命令

1、数据准备:该网站支持newick(常用格式)、nhx、nexus及phyloXML四种数据格式的文件。

2、导入数据:通过MEGA等软件将进化树保存成newick格式文件,然后在Basic工具栏中点击upload tree file选项,输入project、name,然后选择要导入的文件,最后点击Submit即可完成文件的导入;

3、基础设置:通过Basic及Advanced中的一些功能选项对进化树的字体、树形等进行个性化设置;

4、进化树美化:(英文格式输入,命令间使用tab键隔开

1)分支颜色的设置:点击Annotation upload选项中的树分支颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

2)字体颜色设置:点击Annotation upload选项中的字体颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应字体添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

3)字体背景颜色:点击Annotation upload选项中的字体背景颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应字体背景添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

4)分组标记:点击Annotation upload选项中的分组标记设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分组添加标记(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

5)标签装饰:点击Annotation upload选项中的标签装饰设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加标签(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

6)形状标记:点击Annotation upload选项中的形状标记设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加形状标记(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

7)添加柱形图:点击Annotation upload选项中的柱形图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加柱形图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

8)添加气泡图:点击Annotation upload选项中的气泡图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加气泡图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

9)添加热图:点击Annotation upload选项中的热图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加热图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

10)bootstrap:点击Annotation upload选项中的bootstrap设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数对相应分支bootstrap数值进行展示(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);

11)其他:除了以上的美化设置外,还可以展示蛋白质结构域等信息,大家可以去探索一下;

5、图形展示顺序:可以通过左侧工具栏查看自己添加的图形,并可对其是否展示及展示顺序进行调整。而且这个网站也提供了很多例子供大家参考。

6、图形导出:通过Export按钮进行图形导出,支持pdf/png/jpeg/tif等在内的多种格式。

以上就是今天所有的内容,希望对您有所帮助!!!

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