又经过了两年时间，来到了1488年。
在艾吉奥的二十八岁生日那天，他从罗莎口中得知从塞浦路斯归来的圣殿骑士当天将会到达威尼斯，因此，艾吉奥潜入了军营，他看到一个圣殿骑士从船上把金苹果拿下来，并朝着和罗德里格预定的交接地点出发，随即艾吉奥将他杀死，穿上了铠甲伪装成圣殿骑士，将金苹果带给罗德里格。
在卡纳雷吉欧区，艾吉奥和那个导致他父亲和兄弟死亡的分册最高大师——罗德里格·波吉亚见面了。
罗德里格对此并不感到惊讶，他决定自己亲自料理艾吉奥。
罗德里格和艾吉奥
在决斗之中，艾吉奥凭借出色的战斗技巧压制了罗德里格，而罗德里格也召唤了一队卫兵来解决艾吉奥。
并且他还嘲讽艾吉奥，他的人一个都没有来。
……
话音刚落，马里奥，安东尼奥，保拉，泰奥罗拉，拉·博尔佩，巴罗托缪……他们一个个出现在艾吉奥身后，艾吉奥才知道……自己的身边存在着这么多的刺客。
他们击败了罗德里格，罗德里格没能夺回苹果，战败逃脱。
随着另一个人，尼可罗·马基雅维利的出现，艾吉奥知道了自己才是罗德里格口中所说的“先知”，而罗德里格，只不过是个自称的“先知”而已。
这些存在于艾吉奥身边的人十几年了一直在让艾吉奥融入刺客组织，在今天，他们打算正式让艾吉奥加入刺客组织。
艾吉奥在威尼斯举行了一场入会仪式，这代表艾吉奥从他二十八岁的生日这一天成为了一名真正的刺客兄弟会成员，最后，他在左手无名指烙下一个伤疤。
……
“无物为真，诸行皆可，行于暗夜，侍奉光明。”
兄弟会的新成员——艾吉奥·奥迪托雷的入会仪式
不久，艾吉奥和马里奥，马基雅维利等人带着金苹果来到莱昂纳多的工作室，打算一起对圣殿骑士从塞浦路斯带回来的苹果进行研究。
同时也想看看莱昂纳多是否能解开其中的秘密，但显然是不能，他没办法解释。
艾吉奥触碰了苹果，忽然之间，金苹果运作了起来，莱昂纳多看到了许多由苹果中浮现出来的符号和投影。
金苹果的运作
艾吉奥并没有受到什么影响，反倒是马基雅维利和马里奥表现的有点痛苦，于是艾吉奥再次接触了苹果，让它停止运作。
莱昂纳多对此表示金苹果不能落入错误的一方，因为它的力量能使人疯狂。
然后他们决定金苹果带到佛利去，由刺客组织的盟友卡特琳娜·斯福尔扎保管。
马基雅维利和艾吉奥到达了佛利城外的罗马涅地区，他们见到了佛利目前的摄政者卡特琳娜，随即打算将金苹果放回佛利城内。
然而此时的佛利城正在被奥尔西兄弟围攻，艾吉奥从护城河潜入了城内打开城门让众人得以进入内城的要塞。
然而卡特琳娜的孩子奥塔维亚诺和比安卡被奥尔西兄弟劫持，将金苹果交出之后，艾吉奥又转头去救他们。
结果是艾吉奥成功将他们救下，并且杀死了奥尔西尼兄弟中的罗多维科，然而艾吉奥同样也知道了一件事情，这场劫持只是个圈套，奥尔西兄弟中的另一个已经把金苹果偷走了。
于是艾吉奥再转头去追凯科，打算从他手上把金苹果抢回。
艾吉奥虽然杀死了凯科，也确实拿到了金苹果，但凯科死前捅了艾吉奥一刀，导致艾吉奥重伤倒地，金苹果被人捡走，但艾吉奥并不知道那是谁，在他昏过去之前他隐隐约约看到那人是个断了一只小拇指的僧侣。
受伤的艾吉奥被佛利城的士兵带回了城里，交由佛利的摄政者照顾。
在艾吉奥的伤痊愈之后，他就开始追寻苹果的下落，在卡特琳娜的建议下艾吉奥在附近的教堂询问有关这个断指僧侣的事情。
在附近一个修道院，艾吉奥得知了这个人的名字，吉罗拉莫·萨沃纳罗拉。
同时艾吉奥也获得了一份可以定位所有手札的手札地图，这份地图的制作者是佛利的前领主吉罗拉莫·利拉奥。
在寻找萨沃纳罗拉的同时，艾吉奥接到了来自安东尼奥的求助，抵达威尼斯之后，安东尼奥将一位名叫路易斯·德·圣坦杰尔的人介绍给艾吉奥，他正在寻找一个有能力的“杀手”保护他和他的朋友克里斯托弗·哥伦布。
艾吉奥起先对此不感兴趣，因此拒绝了，但发现路易斯和哥伦布会见到罗德里格，艾吉奥又赶到了会面的现场，正好这是一场罗德里格设下的圈套，他顺势救下了路易斯和哥伦布。
哥伦布说罗德里格对他的西航“感兴趣”，当然，罗德里格可不会让人比他先发现美洲的东西。
同时艾吉奥也从圣殿骑士手里帮助哥伦布取回了地图。
艾吉奥和克里斯托弗·哥伦布的会面
从刺客同僚路易斯口中得知，有一部分刺客被西班牙宗教裁判所的裁判官托马斯·德·托尔克马达抓捕，艾吉奥认为解救他们是自己的义务，因此他暂且放下了寻找金苹果的计划，转头前往西班牙。
在西班牙，艾吉奥通过安东尼奥提供的线索抵达了当地的盗贼公会，却发现那里早已一个人都没有了，同时在那里艾吉奥也遭到了袭击，从下水道逃脱之后，一个叫做拉斐尔·桑切斯的刺客找到了艾吉奥，并且帮助艾吉奥救出了一部分刺客，并告诉他是一个名叫加斯帕尔·马丁内斯的人来下令抓捕刺客的。
之后艾吉奥找到了加斯帕尔和托马斯，并窃听了他们的对话，艾吉奥得知是罗德里格让他下令抓捕这些“异教徒”的。
趁着加斯帕尔落单的时候，艾吉奥将他抓住，质问他圣殿骑士的事情，但得到的回答是“他们两百年前就走了。”。
艾吉奥见问不到什么，在得知剩下的六个刺客的名字之后就将加斯帕尔杀死，之后艾吉奥救出了其中的一个刺客，并得知剩下的刺客都在萨拉戈萨。
到达萨拉戈萨，拉斐尔让艾吉奥找到裁判官的监督者佩德罗·洛伦特，到达审裁处之后，艾吉奥看到裁判官托马斯正在审问一个刺客，艾吉奥窃听了两人的对话，随即艾吉奥杀死了佩德罗并救出了剩下的刺客。
回到拉斐尔处，拉斐尔对艾吉奥说还需要一点帮助，于是艾吉奥又杀死了一个圣殿骑士间谍。
艾吉奥正打算启程回意大利，但却又遭到阻挠，并且拉斐尔也被抓住，于是艾吉奥将他救回，并且潜入了托马斯的据点和他对峙，但被他逃脱。
艾吉奥和托马斯·德·托尔克马达随后埃及是之后艾吉奥对拉斐尔说，托马斯可能并非真正的圣殿骑士，而是受到了罗德里格的误导，但托马斯是圣殿骑士西班牙分册的大师。
分别的时候，艾吉奥让路易斯和拉斐尔在哥伦布从“新世界”归来之后通知他，然后启程回意大利。
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