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【ROSALIND】【练Python,学生信】63 Wobble配对与RNA二级结构

2022-05-07 19:17 作者:未琢  | 我要投稿

如果第一次阅读本系列文档请先移步阅读【ROSALIND】【练Python,学生信】00 写在前面  谢谢配合~

题目:

Wobble配对与RNA二级结构(Wobble Bonding and RNA Secondary Structures)

 

Given: An RNA string s (of length at most 200 bp).

所给:一条不超过200bp的RNA序列s。

Return: The total number of distinct valid matchings of basepair edges in the bonding graph of s. Assume that wobble base pairing is allowed.

需得:在允许wobble配对的前提下,s所有符合要求匹配的数目。

 

测试数据

AUGCUAGUACGGAGCGAGUCUAGCGAGCGAUGUCGUGAGUACUAUAUAUGCGCAUAAGCCACGU

测试输出

284850219977421

 

生物学背景

        在之前的多道题目中,我们已经讨论了如何计算RNA的二级结构。本题中,我们将在47 默慈金数和RNA二级结构的基础上添加两个条件,使计算结果更加可靠。

        在经典的碱基配对方式之外,还有一种配对被称为wobble配对,即尿嘧啶除了与腺嘌呤配对,还可以在一些情况下与鸟嘌呤发生结合。因此,本题我们首先在之前的基础上允许尿嘧啶与鸟嘌呤配对。

        第二点是相邻的核苷酸由于位阻效应无法进行配对,因此除非除非k≥j+4,否则RNA链上第k个和第j个核苷酸不能进行配对。

 

思路

        由于有47 默慈金数和RNA二级结构的基础,本题较为简单,只需要对之前的代码稍作修改即可。具体请参考下面的代码,或查阅之前的专栏47 默慈金数和RNA二级结构

 

代码


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