【零代码生信分析小工具】第一波，ssGSEA免疫浸润分析，生信小白快上车！

啦~啦~啦~ 布小谷又开新栏目啦！

这次是 【零代码生信分析小工具】

布小谷估计我们的粉丝朋友们可能有些还是生信刚入门选手，面对一些R语言可能会一头雾水（ps：小云也是从新手村走出来的，学习R语言也是觉得很难啊~），所以这次就设身处地的为新手朋友们分享一些零代码小工具，可以让大家能更快的上手分析！（ps：感觉对自己有用的小伙伴麻烦点个关注哦，小云会多多更新的！）

首先介绍一下零代码小工具的分析网站——“云生信在线分析平台”，它包含200多个零代码分析小工具，只需上传数据，直接一键成图，超级适合生信小白使用哦。网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ，分析平台开源、注册登录后可免费使用。

今天就先从免疫浸润分析工具开始分享，生信里常用的免疫分析方法包括ssGSEA，xCell，MCP-counter，ESTIMATE、TIMER2、CIBERSORT和EPIC等等（这些方法的具体介绍小云之前也分享过，感兴趣的小伙伴点击文末链接就可以观看啦！），第一波就跟着布小谷一起来学习ssGSEA分析小工具吧！

p ssGSEA小工具分析原理

该工具通过基于肿瘤样本的基因表达谱，结合经过研究证实的各个免疫细胞的marker基因，利用ssGSEA（单样本富集分析）算法，估算出各个肿瘤样本的免疫细胞富集分数，以此来代表相对的浸润丰度，通过结合不同样本分组，即可知道某种免疫细胞在不同表型下是否存在浸润差异。用户只需要输入基因表达矩阵、已经经过研究证实的各个细胞的 marker 基因以及样本的表型信息，软件将自行计算出各个样本的不同免疫细胞的相对浸润丰度，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润丰度的表达分布箱式图和热图。

p 操作方法

n Step 1 ：首先打开云生信在线分析平台，并登录使用。点击“单样本富集分析算法分析免疫细胞浸润丰度”进入小工具页面：

n Step 2：进入小工具页面后，可以看到上传数据选项，点击进入后，提示上传数据需要“文件名和文件格式需要和示例数据一致”。回到工具页面可以根据左上角输入数据模板制作数据。

n Step 3：点击“输入数据模板”，进入以下页面，可以看到给出了3个数据模板，点击数据可以在线预览和下载。

输入数据-1：基因表达矩阵输入文件log_TPM.csv（基因为行，样本为列）

输入数据-2：各个免疫细胞的 maeker 基因文件 mmc3.csv

（两列，第一列为基因 symbol，第二列为 marker 基因对应的细胞类型）

输入数据-3：样本表型文件group.csv

（两列，第一列为样本名称，样本必须包含于或等于基因表达矩阵 的样本，第二列为对应的表型）

n Step 4：制作好数据后，在文件上传界面上传所有输入数据，点击提交。再返回到工具主页面点击“运行自有数据”即可跳转到结果展示页面。

n Step 5：ssGSEA免疫细胞浸润丰度分析共得到4个结果，包括3图1表，每个结果都附带简单说明。可以在结果展示页面直接点击某个图进入预览页面，也可以直接下载使用。

p 结果说明

n 相对浸润丰度热图 （pheatmap.pdf）：该图表示各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度热图，最上边不同颜色横条表示不同表 型的样本，图中的颜色从蓝到黄表示浸润丰度从低到高。

n 相对浸润丰度箱式图 （boxplot_all_cell.pdf）：该图表示各个免疫细胞在各组表型样本中的相对浸润丰度箱式图，不同颜色表示不同的样本表型。

n 相对浸润丰度箱式图-带p值 （boxplot_all_cell_withsig.pdf）：该图表示各个免疫细胞在各组表型样本中的相对浸润丰度箱式图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

n 相对浸润丰度统计表 （cellInfiltration_matrix_score.csv）：该表格表示各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度。

p 结语

该工具设置参数少，操作简单，用户只需要输入3个数据，软件将自行计算出各个样本的不同免疫细胞的相对浸润丰度，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润丰度的表达分布箱式图和热图。非常适用于生信新手朋友，感兴趣的小伙伴赶快来尝试一波吧！后面还有更多小工具推荐，敬请期待哦！