Autodock vina results Analysis 对接结果分析

菜鸟博士Caesar

对接结果分析：

results Analysis

1.载入对接结果

Analyze-Docking-Open AutDock vina result...载入对接结果（result.qbtqt），为方便观察，在弹出的对话框中选择载入模型的方式为“Single molecule with multiple conformations”，点击“确认”，可以看到窗口中能量最低的配体构象，通过键盘向右键，可以依次观察不同的对接结果(different conforms and energy)；

2.载入受体

Analyze-Macromolecule-Open...载入受体

3.分析相互作用

Analyze-Docking-Show Interactions，可以看出受体的Lys16与配体形成了1个氢键，分别勾选“display pi-pi interactions”和“display pi-cation interactions”，可以显示是否形成pi-pi相互作用和pi-C相互作用；

4.保存配体

右键删除受体蛋白，File-save Molecule-Write PDB，将符合要求的配体构象保存为PDB格式，用于Pymol作图；

5.合并受体和配体分子

打开Pymol，File-Open依次载入受体、配体分子，点击Receptor-Action-remove waters去除受体中的水分子，

File-Save Molecule…，同时选择受体和配体，保存为complex.pdb；

6.显示氢键

File-Open载入刚刚的复合物complex.pdb，点击Ligand-Action-Find-polar contacts-to other atom in object，

显示出如图的氢键作用，通过Show-labels，可显示出如图所示的氢键键长；

7.编辑氢键参数

在Externa GUI窗口的菜单栏中选择Setting-Edit All，可编辑各项参数值：

h_bond参数项，可更改氢键判断条件；

dash参数项，更改虚线的粗细、长度、颜色和间隔；

问题：show interaction可能报错memory error，大家可以一起讨论下

补充：计算RMSD pymol代码：align 2ORh_7O9Wout_model1,2ORh_7O9Wout1

（部分图片内容源于网络）