时空日报 | 特发性炎症性肌病的组织常驻记忆T细胞特征和转录组图谱
大家好，欢迎观看《时空日报》第26期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计7篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、肌肉浸润性T细胞在特发性炎症性肌病中的单细胞分析
Single-cell profiling of muscle-infiltrating T cells in idiopathic inflammatory myopathies
EMBO Molecular Medicine; IF: 11.100; DOI: 10.15252/emmm.202217240
内容概要：对6名新近诊断为自身免疫性炎症性肌病患者的肌肉浸润T细胞和外周血记忆T细胞进行深入地scRNA-seq分析，揭示了自身免疫性炎症性肌病患者肌肉组织的驻留性记忆T细胞特征，并提供了一个转录组图谱，以识别自身免疫性炎症性肌病的新治疗靶点。
2、scDeepInsight：基于深度学习的scRNA-seq数据的有监督细胞类型识别方法
scDeepInsight: a supervised cell-type identification method for scRNA-seq data with deep learning
Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad266
内容概要：提出了一种基于深度学习的scRNA-seq数据的监督式细胞类型注释方法——scDeepInsight。该方法通过将scRNA-seq数据转化为图像，再利用卷积神经网络进行特征提取和细胞类型识别，能够有效地解决目前无监督聚类算法无法精确分类细胞类型的问题。scDeepInsight还能够进行数据整合、异常值检测和标注细胞类型等操作，并能够帮助鉴定与细胞类型相关的活跃基因或标记基因。与其他主流细胞注释方法相比，scDeepInsight的平均准确率达到了87.5%，较现有最先进的方法高出7%以上。
3、在小鼠在应激造血过程中ETV6抑制炎症反应基因并调节HSPC功能
ETV6 represses inflammatory response genes and regulates HSPC function during stress hematopoiesis in mice
Blood Advances; IF: 7.637; DOI: 10.1182/bloodadvances.2022009313
内容概要：通过建立Etv6R355X/+小鼠模型，发现ETV6（ETS Variant 6）突变会导致造血干细胞功能受损，表现为移植实验中再生能力下降。进一步的机制研究表明，ETV6在炎症基因位点上结合并抑制其表达，维持造血干细胞的功能。这些发现有助于深入理解ETV6突变与血液疾病的关系。
4、利用新的三维培养系统从小鼠减数分裂前生殖细胞体外生成卵母细胞
In vitro oogenesis from murine premeiotic germ cells using a new three-dimensional culture system
Cell Death Discovery; IF: 7.109; DOI: 10.1038/s41420-023-01577-w
内容概要：介绍了一种新的三维器官培养系统（three-dimensional organoid culture，3-DOC），该系统成功地从E11.5的小鼠前减数期雌性生殖细胞（卵原细胞）诱导出完全发育的卵母细胞，建立了一个能够在体外忠实地重现整个卵母细胞发育过程的平台。与二维培养和其他三维培养方法相比，这种新的培养系统更具成本效益，并且能够创建类似于体内卵母细胞的高质量卵母细胞。该研究为未来再生医学和生殖生物学的研究提供了实验模型。
5、巨噬细胞样髓系细胞中表达的再生因子是非洲爪蟾蝌蚪尾再生所必需的
regeneration factors expressed on myeloid expression in macrophage-like cells is required for tail regeneration in Xenopus laevis tadpoles
Development；IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.200467
内容概要：该研究发现，非洲爪蟾蝌蚪尾部的白细胞亚群中巨噬细胞样髓系细胞中表达再生因子rfem.L（regeneration factors expressed on myeloid.L）和rfem.S，这两个基因的敲除会导致尾部再生缺陷。scRNA-seq揭示了rfem.L和rfem.S的表达模式，其中rfem.L在巨噬细胞样细胞中的表达是蝌蚪尾部再生所必需的。
6、SWI/SNF复合物对视网膜色素上皮细胞分化、细胞增殖和神经分化程序的抑制作用
The SWI/SNF complexes are required for retinal pigmented epithelium differentiation and the inhibition of cell proliferation and neural differentiation programs
Development; IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201488
内容概要：通过Geo-seq（geographical position sequencing）获得了发育中的视网膜色素上皮（retinal pigmented epithelium，RPE）和相邻眼部间充质的高分辨率空间转录组图谱，揭示了RPE和眼部间充质分化过程中的关键转录因子及其基因调控网络。该研究发现，SWI/SNF复合物控制RPE转录因子的表达和活性，并抑制神经前体和细胞增殖基因，从而控制RPE和神经细胞命运的交汇点和细胞周期退出和分化的耦合。这些发现揭示了SWI/SNF复合物在眼部发育中的重要作用。
7、COVID-19支气管肺泡灌洗scRNA-seq的Meta分析揭示了肺泡上皮细胞转化和独特的肺泡上皮细胞命运
Meta-analysis of COVID-19 bronchoalveolar lavage scRNA-seq reveals alveolar epithelial transitions and unique alveolar epithelial cell fates
American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology; IF: 6.400; DOI: 10.1165/rcmb.2023-0077OC
内容概要：通过对来自六个独立研究的健康对照组和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗scRNA-seq数据进行荟萃分析，发现了多种浸润性白细胞亚型的增加，其中一些具有I型干扰素特征和与跨细胞膜趋化因子信号相关的独特基因表达特征。此外，该研究揭示了AT-II细胞代谢活性的变化、过渡细胞的增加以及先前未描述的AT-I状态，该状态明显标志着表皮分化复合物基因的诱导。COVID-19患者肺部的免疫组织化学证实了KRT13和SPRR3在远端气道的上调和共定位。
《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。
