一篇science引出一个潜在生信热点— —三级淋巴结构（TLS），创新性高、生信发文空间

2022-09-19 09:53 作者:尔云间 0人读过 | 我要投稿

找新方向真的路漫漫其修远兮啊，小云已经在CNS文献的海洋中遨游的晕头转向了（ps：我好难····偷偷吐槽下老板的轮番push）。

幸亏还是有点收获的，要不小云可真的“蚌埠住了”····

这次发现的点是“三级淋巴结构”，来自于2022年1月发表的1篇Science文章

初次看到这个文章，小云猜测大家可能会想问几个问题~ ~（ps：小云先预判一波）

1.什么是“三级淋巴结构”？

三级淋巴结构 (TLS) 是在非淋巴组织中形成的免疫细胞的有组织聚集体。TLS 的结构和发育与淋巴结非常相似，成熟的 TLS 由 T 细胞区和 B 细胞区组成，包含生发中心 (GC) 并被 T 细胞区包围。

2. “三级淋巴结构”方向可以在哪些疾病中应用？

TLSs 不在生理条件下发现，而是在慢性炎症的背景下出现，例如在自身免疫性疾病、慢性感染和癌症。

3. “三级淋巴结构”为什么可以作为潜在生信热点？

肿瘤中 TLS 的存在与免疫治疗后更好的预后和临床结果相关，可能成为有吸引力的治疗靶点。但目前，TLS 的检测和量化仍然是一个挑战（多为组织病理学检测）。近期Nature的1篇文章在黑色素瘤中获得了9 个基因组成的TLS相关基因特征（PMID: 31942071），给后续生信分析带来了便利。

4. 这个方向的发文空间如何？

目前仅有的几篇TLS生信文章，多聚焦于肿瘤，发文空间巨大，很多研究者还未察觉到这个方向，目前已有TLS的基因集合，可以直接用于生信分析。

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下面也给大家展示1篇5分+的TLS生信文章实践一下，看看思路吧

发表时间：2022年7月

发表杂志：Frontiers in oncology

影响因子：IF=5.738

文章题目：肺腺癌患者三级淋巴结构基因特征的预后意义

公众号回复“123”获取原文

数据来源

主要结果

1. LUAD 患者 TLS 签名与 OS 和 PFI 的相关性

首先比较分析了 LUAD 肿瘤组织和相应正常组织之间 TLS 特征中九个基因的表达，除CD1D外，所有9个基因的表达均存在显着差异。根据表达模式，LUAD 患者分为 TLS 特征高组和 TLS 特征低组，进行KM生存分析，并Cox 比例风险回归模型进行了单变量和多变量分析，以评估 TLS 特征和其他临床病理因素对患者生存的影响。

2. TLS特征与免疫微环境的关系

使用单样本基因集富集分析 (ssGSEA)确定肿瘤微环境中 28 种免疫细胞的比例，以评估TLS 特征高和低组之间免疫细胞亚群的差异。随后分析了TLS特征与癌症免疫周期 (CIC) 特征和免疫检查点基因的关系。

3. TLS 特征与 TMB 的关系

分析TLS 特征与 TMB 之间的相关性，根据 TMB 水平（以中值作为截止值）和 TLS 签名水平将患者分为四组（TLS_High&TMB_High、TLS_High&TMB_Low、TLS_Low&TMB_High 和 TLS_Low&TMB_Low），进行KM生存分析，并比较四组之间 CD274 和 CD8 的表达差异。