影响DNA在凝胶中迁移速率的因素

①

DNA分子大小

 ：DNA分子量越大，在凝胶中的阻力就越大，泳动也就越慢。 ②

DNA分子构型 ：

不同构型的质粒DNA分子即使具有相同分子质量，电泳迁移速率也不同，超螺旋分子迁移最快、线状分子次之，开环分子最慢。

③

凝胶浓度

 ：对于同种DNA分子，凝胶浓度越高，电泳速率越慢。常规实验中对于小片段DNA分子的分离采用高浓度的凝胶分离，而对于大片段则用低浓度的凝胶。

④

电场强度

 ：电场强度高，电泳速度快，但分辨率低。要根提需要选择合适电压，大片段 DNA的分离可适当选择较低电压，以避免拖尾现象的产生，对小分子 DNA片段可选用相对较高的电压以缩短电泳时间。

⑤

溴化乙锭（EB）：

 EB对线状分子与开环分子影响较小，对超螺旋态的分子影响较大当DNA分子中嵌入的 EB分子逐渐增多时，原来为负超螺旋状态的分子开始向共价闭合环状转变，电泳迁移速度由快变慢；当嵌入的 EB分子进一步增加时，DNA分子由共价闭合环状向正超螺旋状态转变，这时电浓迁移速率又由慢变快。

⑥

电泳缓冲液 

电泳缓冲液是核酸、蛋白质凝胶电泳系统的一个重要组成， 是电泳场中的导体，也是维持电泳系统恒定 pH值的必要条件。其成分及其离子强度影 响物质的电泳迁移率，应避免与被分离的样 品发生化学反应而改变样品的理化性质或使 其丧失生物活性。电泳缓冲液中的EDTA 可螯合Mg离子等二价阳离子，防止电泳时激 活DNA酶及Mg离子与核酸生成沉淀。 电泳缓冲液的另一个作用是使溶液具有一定的导电性，以利于DNA分子的迁移，例如，一般电泳缓冲液中应含有0.01-0.04mol/L的Na+离子，Na+离子的浓度太低时电泳速度变慢；太高时就会造成过大的电流使胶发热甚至熔化。 (7)

碱基组成与温度

：Tm值，温度过高DNA容易讲解，碱基组成中G-C含量少的，降解越快，从而影响DNA在凝胶中的迁移速率。