Ubuntu中gromacs2018.8的安装代码

首先需要安装一些数据库代码如下（使用sudo需要输入虚拟机密码，输入密码是不会显示，输入完成后enter即可）：

sudo apt install cmake

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

sudo apt-get install python3-numpy

sudo apt install python3-pip

sudo pip install networkx==2.3

sudo apt-get install fftw3 fftw3-dev pkg-config

然后是安装gromacs依赖的fftw库代码如下：

wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz

tar xzvf fftw-3.3.8.tar.gz

cd fftw-3.3.8

./configure --prefix=/XXX/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared

（其中XXX需改为自己虚拟机的名称）

sudo make install

接下来是安装gromacs2018.8的代码

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2018.8.tar.gz

tar xzvf gromacs-2018.8.tar.gz

cd gromacs-2018.8

mkdir build

cd build

sudo cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx/gmx2018.8 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF

（这两行为一个代码，其中XXX需改为自己虚拟机的名称）

sudo make install

source /home/xxx/gmx2018.8/bin/GMXRC

（其中XXX需改为自己虚拟机的名称）

此时已在这个文件下安装了gromacs，可输入gmx查看gromacs的版本。

接下来需要将gromacs安装到系统环境中

gedit ~/.bashrc

在打开的文件的末尾加入一下内容并保存退出

export PATH="/home/xxx/gmx2018.8/bin:$PATH"

（其中XXX需改为自己虚拟机的名称）

source ~/.bashrc

至此gromacs2018.8就安装好了，可输入gmx查看相应信息（如下图即为安装成功）