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代谢组学及网络药理学研究技术与实践

2023-06-26 18:12 作者:科研软件大合集  | 我要投稿


一、主讲老师介绍:

由工作在科研一线的硕士生导师担任主讲,在国内外学术期刊发表研究论文20余篇,其中SCI收录超过10篇。近几年主持/参与国家自然科学基金和省自然科学基金多项。从事代谢组学技术研究近十年,熟练相关操作流程和数理统计方法,研究方向为基于代谢组学技术的中药质量控制及药理研究。


采用录播回放的形式,发送课程全部案例资料,建立永不解散的课程学员群,长期互动答疑。整体课程对知识进行由浅入深,层层递进,系统讲解,配合案例解析边讲边练,让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;学员微信群提供专业指导,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求,巩固学习内容。

二、大纲内容


代谢组学研究

技术与实践

 

1、代谢组学简介及样本的采集与制备关键问题探讨

代谢组学概述、操作流程、样本采集、储存及制备问题

2、代谢组学数据采集与预处理,决定数据统计结果的准确性

2.1 常用技术平台介绍(NMR和LC-MS)

2.2 常用软件和数据库介绍(代谢物鉴定、数据预处理与分析)

2.3 数据预处理(归一化、标准化、数据转化、缺失值评估)

3、基于SIMCA-P软件的代谢组学数据多元统计分析与实操

3.1 样本分类(无监督和监督模式)

3.2 差异变量筛选(S-plot、S+V-plot、VIP、biplot等)

3.3 常见图形结果解读

网络药理学研究技术与实践

4、网络药理学研究思路和流程

5、网络药理学数据分析与实操

5.1 化学成分的获取与筛选

5.2 中药化学成分靶点获取

5.3 疾病靶点富集数据库

5.4 化合物与疾病靶点映射(韦恩图)

5.5 PPI网络分析(PPI网站的构建、PPI核心网络的筛选)

5.6 富集分析(DAVID数据库、Metascape 数据库)

5.7 网络图构建—Cytoscape(数据导入、节点关系的建立、节点属性计算、调整网络样式、筛选及过滤、网络图导出)

代谢组学与网络药理学结合研究技术与实践

6、代谢组学与网络药理学结合研究思路

7、代谢组学与网络药理学结合分析技术

7.1 代谢组学与网络药理学数据的获取

7.2 代谢组学功能分析(富集分析、通路分析等)

7.3 小分子网络关联分析(Metscape软件、KEGG数据库等)

7.4 代谢组学与网络药理学功能层次关联分析

核心技术实战

8、实例操作

8.1 TCMSP数据库获取与筛选化学成分

8.2 Swiss Target Prediction数据库预测成分靶点

8.3 DisGeNET数据库获取疾病靶点

8.4 化合物与疾病靶点映射

8.5 PPI网络绘制

8.6 DAVID软件进行富集分析

8.7 Cytoscape工具绘制成分-靶点图

8.8 Metscape绘制代谢-酶网络关联图

文献解析实例

 

9、代谢组学与网络药理学结合的文章分析流程和套路

9.1 中药化学成分靶点与代谢小分子网络分析实例(Food Res Int. 2020, 136:109503)

目标:采用Metscape软件对代谢组学发现的差异代谢物和中药成分的药物靶点关联,聚焦关键蛋白。

9.2代谢组学与网络药理学功能层次关联分析实例(J Ethnopharmacol. 2021,264:113281. )

目标:采用功能富集工具分别对网络药理学和代谢组学数据进行关联,聚焦关键通路。

9.3代谢组学和网络药理关联分析实例(Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013)

目标:整合代谢组学和网络药理学揭示羟基红花黄色素A抗急性脑外伤的作用机制损伤。

原文链接:https://docs.qq.com/pdf/DTUhxelp0U2NvT1ho  

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