空间转录组测序原理，分析，应用

在做单细胞测序的时候，可能会存在组织解离存在偏向性的情况，尤其是脑组织，当你做流式分选的时候会发现，神经元和星形胶质细胞数量数量很少，主要是少突胶质细胞或小胶质细胞

但空间转录组学只能粗略的鉴定细胞类型，如果需要更加精确的结果，需要结合同样样本的单细胞测序技术+生信分析

可以把空间转录组学理解成高通量的FISH(荧光原位杂交)

六个关键步骤：

1.组织形态学检验(切片厚度大概10微米)，HE染色；红色部分代表组织，绿色部分代表芯片，组织是贴在一个芯片上的，芯片会分成不同的区域(5000个)

2.芯片探针阵列；5000个区域中的每一个区域，都有几百万个探针，这些探针与组织结合的部分是polyT ，底部是ID Barcode，每个区域的ID是不一样的，5000个区域就有5000个ID

4.透化；组织贴在芯片上后，加入一些试剂，将组织中的细胞打孔，让细胞中的mRNA能从这些孔中释放出来，因为这些mRNA带着polyA的尾巴，所以可以与探针polyT配对，被探针捕获，所以被释放出来的mRNA可以被对应位置(下方芯片上)的探针捕获。

5.反转录cDNA时，会把探针底端的IDBarcode加在cDNA上，所以后续测序的时候，通过这个ID Barcode就能知道这条序列来源于组织的哪个位置

真正的芯片大概是一个载玻片的大小，会有4个捕获区，每一张切片是贴到一个捕获区上的，一张芯片上是可以贴四张切片的(按切片数量收费)

每个捕获区的大小是6.5*6.5mm，所以切片不要太大也不要太小

每个捕获区上有约5000个spot(拥有对应的Barcode)，每个spot(图上的小圆点，直径大概55微米)内有几百万条探针，spot之间存在间隙；由于单个细胞的直径大概是5-10微米，所以覆盖一个spot的组织中大约是1-10个细胞(即每个spot捕获的信息是覆盖这个spot组织中的1-10个细胞，不是单个细胞！！！)