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科研代码分享|R可视化:肿瘤预后模型之Cox回归分析后用R语言绘制森林图

2022-06-20 15:48 作者:尔云间  | 我要投稿

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已经2022年了,预后模型分析还是纯生信分析的热点内容之一,小编之前的推文中已经分享过KM生存曲线、Cox回归分析,以及各种风险曲线、列线图、校准曲线和决策曲线,大家感兴趣的话可以在往期内容中查找,本着“做戏做全套”的原则,本次推文中介绍森林图的画法,通过R代码实现文献中的下图。

Li X, He J. A Novel Pyroptosis-Related Gene Signature for Early-Stage Lung Squamous Cell Carcinoma. Int J Gen Med. 2021;14:6439-6453. Published 2021 Oct 5. doi:10.2147/IJGM.S331975

森林图(forest plot),从定义上讲,它一般是在平面直角坐标系中,以一条垂直于X轴的无效线(通常坐标X=1或0)为中心,用若干条平行于X轴的线段,来表示每个研究的效应量大小及其95%可信区间,并用一个棱形来表示多个研究合并的效应量及可信区间,它是Meta分析中最常用的结果综合表达形式,现在也广泛应用在biomarker此类研究中。

今天分享的内容具体包括:输入数据和具体绘图代码部分,带大家一起复现该图。

输入文件为Cox回归分析结果,共51列为基因id;第2列为HR值;第3列为误差条 95%置信区间下限;第4列为误差条 95%置信区间上限 ;第5列为pvalue值。

下图为示例数据分析结果,大家可以根据自己的数据来进行结果展示。

参考资料:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/340207465

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