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R可视化——ROC曲线绘制常见包汇总及绘制方法展示

2023-04-16 14:37 作者:科研那点事儿  | 我要投稿

     ROC曲线,即受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve),又称为感受性曲线(sensitivity curve)。ROC曲线曲线的绘制方式一般是根据一系列不同的二分类方式,以真阳性率(灵敏度)为纵坐标,假阳性率(1-特异度)为横坐标进行绘制。其中比较重要的几个统计量,如AUC(曲线下面积)用于评价诊断效果,AUC>0.5时,AUC越接近于1,说明诊断效果越好;AUC在 0.5~0.7时,准确性较低;在0.7~0.9时,有一定准确性;AUC在0.9以上时,准确性较高。

     今天这期推文,小编会结合pROC、multipleROC、reportROC、ROCR、plotROC及ROCit六个R包给大家展示如何进行ROC曲线的绘制相关指数的获取!

基于pROC包进行绘制

1、加载包

2、数据——以包里面的示例数据为例

图片

3、构建ROC对象并进行可视化

图片

4、计算AUC值

5、绘制多条ROC曲线

图片


基于multipleROC包绘制

1、加载R包

2、数据——以上面的数据为例

3、绘图

图片

4、AUC、截断点、最佳截断值的提取

5、绘制多条ROC曲线

  或者:

图片

6、分面显示

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基于reportROC包进行绘制

      这个R包唯一的好处就是可以一行代码输出ROC曲线的各项统计数值及ROC曲线,包括截断值、AUC及置信区间、灵敏度及置信区间、特异度及置信区间、阳性似然比、阴性似然比、阴性预测值等统计值:

1、加载R包

2、数据——以aSAH示例数据为例

3、ROC可视化及各项统计值展示

图片

4、保存


基于ROCR包进行绘制

1、加载R包

2、数据——以aSAH示例数据为例

3、构建prediction对象并展示AUC值

4、获取ROC数据并进行可视化

图片


基于plotROC包进行绘制

1、加载R包

2、数据——以aSAH示例数据为例

3、基于ggplot2绘图

图片

4、计算曲线下面积


基于ROCit包进行绘制

1、加载R包


2、数据——以aSAH示例数据为例

3、构建ROC对象

4、计算AUC和95%置信区间

5、绘制ROC曲线

图片
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参考:

1)https://blog.csdn.net/dege857/article/details/121138734

 2)https://www.jianshu.com/p/6e89b25fca1b

 3)https://cran.r-project.org/web/packages/reportROC/reportROC.pdf

4)https://cloud.tencent.com/developer/article/1632723

 5)https://cloud.tencent.com/developer/article/1965938

6)https://zhuanlan.zhihu.com/p/607695181

绘图源码可在微信公众号后台回复"ROC"获取!!!


本文使用 文章同步助手 同步


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