R可视化——ROC曲线绘制常见包汇总及绘制方法展示
ROC曲线,即受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve),又称为感受性曲线(sensitivity curve)。ROC曲线曲线的绘制方式一般是根据一系列不同的二分类方式,以真阳性率(灵敏度)为纵坐标,假阳性率(1-特异度)为横坐标进行绘制。其中比较重要的几个统计量,如AUC(曲线下面积)用于评价诊断效果,AUC>0.5时,AUC越接近于1,说明诊断效果越好;AUC在 0.5~0.7时,准确性较低;在0.7~0.9时,有一定准确性;AUC在0.9以上时,准确性较高。
今天这期推文,小编会结合pROC、multipleROC、reportROC、ROCR、plotROC及ROCit六个R包给大家展示如何进行ROC曲线的绘制相关指数的获取!
基于pROC包进行绘制
1、加载包
2、数据——以包里面的示例数据为例

3、构建ROC对象并进行可视化

4、计算AUC值
5、绘制多条ROC曲线

基于multipleROC包绘制
1、加载R包
2、数据——以上面的数据为例
3、绘图

4、AUC、截断点、最佳截断值的提取
5、绘制多条ROC曲线
或者:

6、分面显示

基于reportROC包进行绘制
这个R包唯一的好处就是可以一行代码输出ROC曲线的各项统计数值及ROC曲线,包括截断值、AUC及置信区间、灵敏度及置信区间、特异度及置信区间、阳性似然比、阴性似然比、阴性预测值等统计值:
1、加载R包
2、数据——以aSAH示例数据为例
3、ROC可视化及各项统计值展示

4、保存
基于ROCR包进行绘制
1、加载R包
2、数据——以aSAH示例数据为例
3、构建prediction对象并展示AUC值
4、获取ROC数据并进行可视化

基于plotROC包进行绘制
1、加载R包
2、数据——以aSAH示例数据为例
3、基于ggplot2绘图

4、计算曲线下面积
基于ROCit包进行绘制
1、加载R包
2、数据——以aSAH示例数据为例
3、构建ROC对象
4、计算AUC和95%置信区间
5、绘制ROC曲线


参考:
1)https://blog.csdn.net/dege857/article/details/121138734
2)https://www.jianshu.com/p/6e89b25fca1b
3)https://cran.r-project.org/web/packages/reportROC/reportROC.pdf
4)https://cloud.tencent.com/developer/article/1632723
5)https://cloud.tencent.com/developer/article/1965938
6)https://zhuanlan.zhihu.com/p/607695181
绘图源码可在微信公众号后台回复"ROC"获取!!!
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