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MS软件模块翻译-GULP运行示例

2023-06-18 10:21 作者:邱新龙分子模拟小破屋  | 我要投稿

无论是执行单点能量计算、最小化体系还是执行分子动力学模拟,运行远程GULP作业所执行的步骤序列始终相同。单击“GULP计算”对话框上的“运行”按钮时,将执行示例远程作业运行中描述的步骤,但有以下差异:Materials Studio在从服务器接收更新信息时的确切行为取决于正在执行的计算类型。

对于能量计算,如果

l 已选中更新结构:没有效果,因为没有任何结构更改与此任务关联。

l 已检查更新图形:没有效果。

l 选中更新文本结果:Materials Studio下载一个名为Status.txt的文本文件,其中包含所执行的计算、总能量和总能量收敛的摘要(例如,上一次迭代的更改)。



对于“几何体优化”计算和“表面计算”,如果选中了

l “更新结构”:Materials Studio将下载结构的快照,并相应地修改原始结构的副本。

l 检查了更新图:Materials Studio创建了一个名为[seedname]Energies.xcd的图表文档,显示了总能量与优化步骤的关系,另一个称为[seedname]Convergence.xcd的图文档,以对数尺度显示了总能源变化和梯度与优化步骤的关系。

l 选中更新文本结果:Materials Studio下载一个名为Status.txt的文本文件,其中包含所执行的计算、总能量、总能量收敛(例如上一次迭代的变化)和梯度的摘要。


对于动力学计算,如果选中了

l “更新结构”:Materials Studio将下载结构的快照,并相应地修改原始结构的副本。

l 检查了更新图:Materials Studio创建了一个名为[seedname]Constant.xcd的图表文档,显示运动常数与模拟时间的关系,一个称为[seedname]Energy.xcd的图表文档显示势能和动能与模拟时间之间的关系,另一个名为主[seedname]Temperature.xcd的表格文档显示温度与模拟时间。此外,如果为三维周期性结构运行计算,则会创建图表文档[seedname]Pressure.xcd。当GULP完成平衡阶段时,图表将被清除,并仅显示从那时起的生产阶段结果。

l 检查更新文本结果:Materials Studio下载一个名为Status.txt的文本文件,其中包含执行的计算摘要、完成的动力学步骤数、温度以及最后完成的优化步骤的运动常数。它还说明了GULP目前是否处于计算的平衡或生产阶段。


作业完成后,Materials Studio将把输出文件传输回你的电脑,你可以在那里查看和编辑它们,分析结果,或使用它们进行进一步的计算。根据你执行的计算类型,可能会生成或修改其他输出文件。

l 对于Energy运行,Materials Studio会下载所有GULP输出文件。

l 对于几何体优化运行,Materials Studio下载所有GULP输出文件,更新已复制到结果文件夹中的结构以显示最终几何体,并创建轨迹文件[seedname].xtd,其中包含优化过程的历史记录。可以使用“动画”工具栏上的工具为轨迹文件设置动画。

l 对于动力学运行,Materials Studio下载所有GULP输出文件,更新已复制到结果文件夹中的结构,以在动力学运行开始时显示配置,并创建一个轨迹文件[seedname].xtd,用于描述分子动力学计算的生产阶段。可以使用“动画”工具栏上的工具为轨迹文件设置动画。


2.2.1如果远程GULP作业失败

Materials Studio会在启动前检查执行GULP作业所需的大部分数据和设置。如果无法启动作业,则会生成详细说明原因的错误消息。

但是,有时作业可能会因为无法在启动前检查的原因而失败。在这种情况下,有关错误的更详细信息可能只能在作业生成的[seedname].gout文件或位于服务器端项目目录[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm文件中获得。存储在服务器目录中的其他文件,例如Gulp.log,也可能包含进一步的线索。要查看服务器端文件,可以使用作业资源管理器的“远程查看”功能。

以下是GULP作业失败的最常见原因列表。它可以帮助你识别并解决远程GULP作业中的任何问题。有关远程作业失败的一般原因,请参阅“如果远程作业失败”帮助主题。

提示:从菜单栏中选择“查看|项目日志”,查看是否报告了任何错误或警告消息。


2.2.2GULP作业无法启动的常见原因

服务器端问题GULP输出包含一条消息“错误:内存分配失败”。此消息通常意味着运行GULP的计算机上没有足够的可用内存。例如,当要求具有1000多个原子的大型体系具有振动性质时,这很可能发生。通过从GULP设置对话框的性质选项卡中删除振动性质计算,通常可以成功完成运行。

提示:在采取任何行动之前,确定GULP作业失败的原因很重要。在大多数情况下,错误消息会在GULP报告文件[seedname].gout或位于服务器端项目目录[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm文件中报告。


2.2.3在独立模式下运行GULP

运行GULP最方便的方法是通过Materials Studio界面,该界面执行运行GULP作业所需的所有准备任务。然而,在某些情况下,可能需要在独立模式下运行GULP,并在其他地方准备一组输入文件。例如,你可能希望在未配置为网关的服务器上运行计算,例如不与Materials Studio客户端通信的计算机(可能是因为防火墙阻止自动文件传输和作业启动)。


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