TVB版本：2.7.2-17803

参考视频：YTB

在TVB安装完成且登录成功之后:

• 点击 Project->List of all projects，会看到有一个Default_Project，

1. Simulator - Phase plane

参考YTB

• 点击Data Structure栏的Project Data，应该可以看到如下界面

• 点Simulator->左上角8个小方块->Phase Plane，可以看到一个二维相图。

• 关于左边菜单的设置：

• Local dynamic model：设置为Generic 2D Oscillator

  这里用来选择不同的模型，比如Hopfield模型

• Model parameters：是一些模型参数，未必有生物学意义，但这个模型可以模仿很多生物学行为。可以在这里人工调参

• Integration scheme：数值积分求解器，比如龙格库塔。

• Integration-step size (ms)：设置步长，我们可以设置为0.5

• State variables shown on axes and their range: 设置横纵坐标的显示范围。

• Integration steps：表示积分的总长度

  点击右图的任何一点可以出来一个轨道，这个轨道就是通过数值积分得到的。将Integration steps再点击，可以得到下面的图像

• 将其中的参数a调整到2（一个经验），会发现出现极限环

2. 正式Simulator

参考YTB：回到我们最初的界面，按照下面说明进行仿真参数配置

这里的a可以设置更大一些以获得更明显的效果，比如 [0.05]

这里的V为观测数据，需要打上勾才可以继续，视频里面却没有打勾

注：

• 运行完成后，右边应该出现结果：

• 点击TimeSeriesRegion后

• 点击Visualizers来可视化，再点击Brain Activity Viewer in 3D and 2D

• 可以得到下面的刺激序列

• 点击右上角Select Signals from input，可以选择观察多个脑区:

• 选择Time Series Visualizer (SVG/d3)，可以得到

• 这些轨迹被称为damped oscillation，最后都回到了稳态（这与a的设定有关。

3. 开始PSE(parameter Space Exploration)

参考YTB：

• 上面每次只能用一组参数进行实验，这里我们可以设置一组参数，来对参数空间进行扫描。

• 视频中的版本似乎与我所使用的版本（2.7.2-17803）有所不同

(1)这里最多只能对两个参数进行探索，(2)这里设置了这些参数的变化范围。

我们只得到了一个2*2的点，看起来需要设置范围的时候，HI需要比希望停止的值设置为更高：比如[-2, 2.1, 2]

• 其中(1)和(2)所在的位置可以绑定不同的数据，并在图中进行表示。

• (3) 点击节点，可以看到这个点中所代表的实验的详细过程。