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生信人必学的软件之bedtools进行格式转换/SCI论文/科研/研究生/生信分析热点思路

2023-05-04 10:02 作者:尔云间  | 我要投稿

Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的一个大量生物信息学数据处理脚本的集合,它简直是基因组数据分析的瑞士军刀,可以对bam、bed、GFF/GTF、VCF等数据进行处理,快速完成取交集、并集、补集、计数以及格式转换等操作。那么接下来,小果将分章节为大家介绍Bedtools的用法。

那么今天跟小果来学习bedtools的格式转换功能吧。

bedtools可以将bam文件转成bed或者fastq文件,它们需要使用不同的命令,咱们先来学习bamtobed命令。

Bedtools bamtobed命令用于将序列比对文件bam格式转化为BED、BED12、BEDPE格式。

示例:

Bedtools bamtobed [OPTIONS] -I <BAM>

$ bedtools bamtobed -I reads.bam | head -3

chr7 118970079 118970129 TUPAC_0001:3:1:0:1452#0/1 37 -

chr7 118965072 118965122 TUPAC_0001:3:1:0:1452#0/2 37 +

chr11 46769934 46769984 TUPAC_0001:3:1:0:1472#0/1 37 -

使用参数:

那么接下来我们来学习bamtofastq吧。

bedtools bamtofastq命令用于从bam文件中提取fastq文件

 

示例:

bedtools bamtofastq [OPTIONS] -I <BAM> -fq <FASTQ>


好啦,今天的教程就到这里,欢迎大家关注小云,小云将继续为大家带来bedtools各命令的使用教程


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