gromacs教程-14-GPU加速版

1.获取最新版本的C和C++编译器。

2.检查您是否拥有CMake 3.18.4或更高版本。

3.获取并打开最新版本的GROMACS压缩包。

4.制作一个单独的构建目录并更改为该目录。

5.运行“cmake”，并将源路径作为参数

6.运行“make”、“make check”和“make install”

7.来源“GMXRC”以访问GROMACS

或者，作为要执行的一系列命令：

   tar xfz gromacs-2023.1.tar.gz

   cd gromacs-2023.1

   mkdir build

   cd build

   cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

   make

   make check

   sudo make install

   source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这将首先下载并构建先决条件FFT库,其次是GROMACS。如果您已经安装了FFTW，您可以将该参数删除为“cmake”。总的来说，GROMACS的构建将在运行“cmake”的机器上保持正确和合理的速度。

在另一台机器上，它可能无法运行，或者运行速度不快。如果你愿意要使用GROMACS获得硬件的最大价值，您必须进一步阅读。遗憾的是，硬件、库和编译器只会继续变得更加复杂。

在期望用户跨多个使用MPI的节点，进行与上述类似的安装，以及另一个使用“-DMX_MPI=打开”。后者将安装二进制文件和使用默认后缀“_mpi”即“gmx_mpi”命名的库。因此将其安装在同一位置是安全且常见的做法其中安装了非MPI构建。

如上所述，下面还有更多细节，但您应该考虑使用以下具有适当值的CMake选项“xxx”的：

*“-DCMAKE_C_COMPILER=xxx”等于您使用的C99编译器的名称希望使用（或环境变量“CC”）

*“-DCMAKE_CXX_COMPILER=xxx”等于C++17编译器的名称您希望使用（或环境变量“CXX”）

*“-DMX_MPI=on”以使用MPI支持进行构建

*“-DGMX_GPU=CUDA”以在启用NVIDIA CUDA支持的情况下构建。

*“-DGMX_GPU=OpenCL”以在启用OpenCL支持的情况下构建。

*“-DGMX_GPU=SYCL”在启用SYCL支持的情况下构建（使用Intel默认情况下为oneAPI DPC++）。

*“-DMX_SYCL_HIPSYCL=on”使用HIPSYCL使用SYCL支持构建（需要“-DMX_GPU=SYCL”）。

*“-DMX_SIMD=xxx”指定上节点的SIMD支持级别哪些GROMACS将运行

*“-DMX_DOUBLE=on”以双倍精度构建GROMACS（较慢，和通常不有用）

*“-DCMAKE_PREFIX_PATH=xxx”为CMake添加非标准位置搜索库、标头或程序

*“-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx”将GROMACS安装到非标准位置（默认为“/usr/local/gromacs”）

*“-DBUILD_SHARED_LIBS=off”关闭共享的生成帮助进行静态链接的库

*“-DMX_FFT_LIBRARY=xxx”选择是使用“fftw3”、“mkl”还是用于FFT支持的“fftpack”库

*“-DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug”在调试模式下生成GROMACS