获取嵌入hkl文件的CIF文件

有时候阅读文献时，遇到文献中的晶体结构，会想要把晶体数据下载下来进行解析和精修等练习或研究，而想要进行解析和精修，就必须要有衍射数据文件hkl，如果发表的CIF中嵌入了hkl文件，那么就可以从下载的CIF中提取hkl文件用作解析和精修。但如果出于各种原因，作者在发表CIF时，刻意不嵌入hkl文件，则下载的CIF文件就无法提取hkl文件，自然也就无法用于解析和精修。

 

如果CIF文件中没有嵌入hkl文件，只能求助论文作者，看看能否从作者那里得到相应的hkl文件。

 

案例1：Inorg. Chem. 2021, 60, 1315–1319.

在论文主页Supporting Information中，没有作为附件的CIF文件，只是提供了CCDC[1]号（即Deposition Number），如图1.1所示。

 

根据CCDC号在CCDC官网找到其存储的CIF文件，如图1.2所示。

 

在下载页面选择包含结构因子的选项，如图1.3所示。

 

发现下载下来的CIF文件只有38 KB，如图1.4所示，很显然，该数据在发表时并未嵌入hkl文件。

 

而该论文中另一个数据确实嵌入了hkl文件，如图1.5所示。

 

这倒是一个挺奇怪的情况，同一篇论文中的两个数据，一个嵌入hkl文件，另一个却没有。这种情况下，只能向论文作者求助hkl文件。

 

案例2：Chem. Commun. 2022, 58, 9682–9685.

在论文主页右侧，点击Crystal structure data，如图2.1所示。

 

下载到的CIF文件如图2.2所示。

 

用Olex2[2]打开后，可在Work>>Refine下提取hkl和res文件，如图2.3所示。

 

案例3：Angew. Chem. Int. Ed. 2022, 61, e202206022.

在论文主页Supporting Information中，可以下载论文中晶体数据的CIF文件，如图3.1所示。

 

随后用Olex2提取hkl和res文件即可。

 

案例4：Dyes Pigments 2022, 198, 109992.

在论文主页点击左侧列表的Appendix A. Supplementary data，页面转至相应位置后，点击相应的数据链接，如图4.1所示。

 

页面跳转至CCDC官网，如图4.2所示，输入验证码。

 

然后按照和案例1相同的方法，下载其CIF文件即可，如图4.3所示。

 

案例5：Chem. Commun. 2022, 58, 11434–11437.

在论文主页右侧，点击Crystal structure data，如图5.1所示。

 

该CIF文件中共包含5个晶体数据，但发现第一个晶体数据（CCDC 2190296）没有对应的hkl和res文件，而其他4个晶体数据均有对应的hkl和res文件，从CCDC官网下载2190296.cif文件（仅有22 KB），发现其中也没有hkl和res文件，如图5.2所示，这很可能是作者故意为之的。

 

总体而言，获取嵌入hkl和res文件的CIF文件基本上就是如下的途径：

（a）在论文主页下载以附件作为支撑材料的CIF文件

（b）如果方式（a）下载的CIF文件中没有hkl和res文件，则通过论文DOI或数据CCDC在CCDC官网下载相应的CIF文件（有时论文主页的附件CIF中没有hkl和res文件，但CCDC官网的CIF中有）

（c）如果上述两种方式下载到的CIF中都没有hkl和res文件，则可尝试发邮件求助论文作者

 

相关视频

根据CCDC从CCDC官网下载CIF文件：https://www.bilibili.com/video/BV1ZM4y1f7BJ

根据DOI从CCDC官网下载CIF文件：https://www.bilibili.com/video/BV1Lb41197UH

 

参考文献

[1] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

[2] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.