暗之摇篮、光之飞船、月之归还

灰白的土地、漆黑的星空，这便是月球。月球的叹息海虽然寂静但也并非空无一物，或许是受佐迪亚克的影响，许多古代真人的幻影和他们遗留的思念还若隐若现。光之战士眼前有一座蓝色的建筑物，海德林提到的帮手，月面监视者始终在此确保佐迪亚克的封印。然而先前法丹尼尔的攻击使得剑型的封印节点松动，古代真人的幻影也因此出现。监视者正在修复封印之剑，光之战士则倾听那些古代真人的思念，使他们重新安息，确保了灵水之剑。这时，一只金色的狗狗阿尔戈斯突然出现，友善地靠近光之战士，仿佛要带光之战士去往其他封印之剑。曾经人们怀着拯救世界，让世界不再绝望的思念向星球献上自己的生命，创造出了星球的意志佐迪亚克，这份强烈的执念几乎要将光之战士吞噬，而最后一个似曾相识的古代真人安抚了其他人，光之战士看出他就是希斯拉德，他不是亚马乌罗提中的造物，而是曾经生活在世上的希斯拉德的思念体，希斯拉德看出法丹尼尔和芝诺斯正在破坏其他的封印之剑。光之战士直接骑着阿尔戈斯来到二人面前，但还是晚了一步，所有的封印之剑都已被破坏。没有了艾里迪布斯这个核心，任何人都可以易如反掌地操控佐迪亚克。芝诺斯问光之战士要不要在此之前先打一场，但法丹尼尔的目的已经达成，跳入了封印佐迪亚克的暗之摇篮……

在古代真人看来，佐迪亚克是将人们从末日中拯救出来的英雄，然而如今却被法丹尼尔用作破坏的化身，他们只求光之战士不要让佐迪亚克毁灭世界。阿谢姆的记忆水晶依旧在光之战士手中闪耀，而那个似曾相识的青年相信光之战士一定能战胜法丹尼尔，如果哈迪斯看到这一幕也会是这样想的。或许是因为佐迪亚克的一部分力量仍分裂在各镜像世界，又或许是因为佐迪亚克原本的核心并非法丹尼尔，即便法丹尼尔彻底和佐迪亚克融合却也无法战胜光之战士。然而法丹尼尔的计划本来就不是消灭光之战士，而是引发末日。法丹尼尔或者说亚蒙亲手了杀死佐迪亚克，他终于感受到了死亡的寒冷。他想到了世界分裂前的那个法丹尼尔之席，那时他提出过一个问题，而亚蒙在最后给出的回答就是人类不配延续下去。他想到了赞德，终于这个世界即将归于虚无。

回到月球表面，遥望着那颗蓝色星球，光之战士却仿佛看见世界正在崩塌，好在被监视者及时叫醒，如今佐迪亚克已经死去，他所掌管的戒律也不复存在，世界也只有走上毁灭一途。芝诺斯还活着，但他知道佐迪亚克已死，末日即将来临的现状下，光之战士早已不把他放在眼里，他也只能继续去寻找更能唤起光之战士斗志的东西。平息了加雷马的混乱之后，桑克瑞德、于里昂热和雅·修特拉也来到了叹息海，监视者邀请大家一起回去讲述末日的事情：在远古时代，人们将星球称为亚伊太利斯。正如爱梅特赛尔克曾经展示的那样，面目狰狞的兽从人们失控的创造之力中诞生，末日最终降临世界，其根本原因至今都不清楚。星球有三种以太流，大地中的地脉、流水中的水脉和空气中的风脉，但其实还有一种包裹在星球外围的天脉。精通以太学的雅·修特拉也是第一次听说天脉这个词，监视者说在远古时代也鲜有人研究天脉，十四人委员会研究发现末日的灾难往往始于天脉薄弱的地方，因此创造出了代表活性的拥有暗之力的佐迪亚克来控制以太的流动。尽管海德林最初给光之战士的使命是驱逐黑暗，但她的本意也不是要消灭抵挡末日的佐迪亚克。原本创造海德林的人数就远远小于创造佐迪亚克的人数，海德林要维持佐迪亚克的封印已经几乎耗尽了全力，因此才会把光之战士的使命托付给冒险者们。桑克瑞德相信敏菲利亚所坚信的海德林，并向监视者确认，当末日席卷原初世界之时，琳所在的镜像世界也将不复存在。海德林对末日的来临也早有准备，月球不仅是封印佐迪亚克的监狱，也是人类逃离末日的飞船，而船员们就在叹息海远处的建筑物内。

光之战士再度找到了阿尔戈斯，并让它分出三个分身，一行人骑着阿尔戈斯来到了目的地。穿过供古代真人通行的大门，无数长着长长的耳朵的小生命被唤醒，它们自称兔兔族正是海德林为人类预备的船员，于里昂热倒是觉得这样可爱的外表确实能让登船的人感到安心。一行人找到了兔兔族的首领生命威，兔兔族基于海德林也就是维涅斯传授的知识打造了月球，如今已经有了空间跳跃的技术能够帮助人类找到下一个宜居星球。另外它们在亚伊太利斯也有帮手帮助他们了解人类的知识，从而在月球上创造适合人类生存的环境。不过兔兔族对人类的了解还停留在远古时代，他们的帮手似乎也来不及说明古代真人已经分裂为现代人类的事实。这让生命威大惊失色，下令把所有空间改小到三分之一。住的问题先放一边，生命威要带一行人去试吃一下他们生产的食品，然而兔兔族的食物除了胡萝卜还是胡萝卜，营养肯定没得说，但种类实在是太单一了。而在穿衣方面，无论怎么选，兔兔族提供的衣服都是超级复古的长袍加面具款式。桑克瑞德和雅·修特拉还需要一段时间来接受兔兔族的处事方法。临走前桑克瑞德向生命威确认，在镜像世界并没有月球这种逃离末日的方法。不过于里昂热还是愿意继续和兔兔族交流。光之战士和另一个兔兔族增盈威一起散步的时候无意间听到了于里昂热和生命威的谈话，生命威知道它们对现代人类了解甚少，无法提供人类满意的生活环境，但末日不等人，生命威希望始终愿意与它们交流的于里昂热能够去说服人们尽快登上月球逃离末日。桑克瑞德和雅·修特拉看于里昂热独自向外走去，让光之战士跟踪上去。于里昂热看光之战士跟了上来，便停下和光之战士单独表露了自己的想法：于里昂热曾经把敏菲利亚送往第一世界，又帮水晶公隐瞒了献身拯救世界的计划，他认为自己总是在牺牲他人。一想到穆恩布瑞达，于里昂热更是后悔当初没有和她一起对抗无影。如今兔兔族的逃离计划势必又要牺牲许多人，但见识过末日的于里昂热也无法坐视不管。至于到底如何回答兔兔族，于里昂热还要再仔细想想。这时生命威说雅·修特拉正在找光之战士，而它们还有事要于里昂热帮忙。

然而雅·修特拉并没有要找光之战士，反而是增盈威始终找理由不愿意带三人去见于里昂热。兔兔族被维涅斯创造时就亲近人类，得知自己不能给人类提供舒适的生活环境让它们非常愧疚，但却又不希望光之战士一行人离开，要强行留下三人，只让于里昂热回去说服其他人类。光之战士没办法，只能打晕了增盈威等兔兔族。生命威想要趁机让于里昂热回到亚伊太利斯，这时光之战士等人也回来了。于里昂热知道兔兔族对亚伊太利斯、对人类都怀有深切的热情，为此它们忍受成千上万年的孤独改造着月球，用现代人的语言为自己命名。然而它们对人类还不够了解，“生命”“歌鸣”“地形”都并非简单的词语，而是需要切身去体会和感悟的。至于布丁威，那就只能带它吃一次布丁才行了。因此于里昂热并不准备回去，而是要留下来帮助兔兔族了解人类，整备月球，为人类的生存保留火种，而把对抗末日的重任交给光之战士等人。兔兔族也由衷表示了歉意，说出了它们的帮手，其实大家都猜到了，那正是哲学家议会。光之战士带在身边的花朵闪耀出了红色的光芒，监视者也赶来了，他看出这朵花叫做厄尔庇斯。

三人离开月球，回到了加雷马。尤卢斯等被蛮神精炼的信徒已经送往各国治疗，在击败了阿尼玛后各地的末日塔也都消失了，可以说伊尔萨巴德救援队已经达成了目的。另外芝诺斯现在依然失踪，但也没必要再去找他了。马克西马认为现在芝诺斯已经不再是皇子，他将被当成不属于任何阶级的维托尔。

回到巴尔德西昂分馆，光之战士和同伴们分享了情报。这时听说哲学家议会聚在广场上有重要的事要公布，引来了许多围观群众。哲学家议会一致同意解除遮蔽记忆的魔法，向民众们说出了有关末日、有关海德林、有关月球的所有信息。如今末日即将来临，哲学家议会决定让富尔什诺全权负责，效仿先祖纽恩克雷夫乘上月球这艘方舟逃离灾厄，展开新一次的大撤退行动。阿尔菲诺和阿莉塞也终于知道了父亲的良苦用心，为了拯救亚伊太利斯和各个镜像世界的一切，他们也终于能够坚定地向父亲表示会战斗到底，而富尔什诺也不再阻止两个孩子。

经历了这么多战斗，大家都决定回去好好休息一下。遥望着天空中的月球，光之战士能感觉到末日即将降临，无数流星从血红的天空中滑落。这时有人敲响了光之战士的房门，来的正是阿尔菲诺/阿莉塞/桑克瑞德/雅·修特拉/古·拉哈·提亚/埃斯蒂尼安。（基于玩家的选择，不同的选项会因为角色的性格而有不同的对话，但不影响整体剧情。）伙伴们对光之战士接来下的战斗表示了关照。

末日的阴云笼罩下，人心已经走向了绝望……